من خلال خبراء زراعيين يمتلكون الكفاءة والدراسة والوعي التام بالمجال الزراعي وخاصة الزراعية المحمية، يجب أن يكون هناك إدارة متكاملة داخل بيوت محمية للتخلص من الآفات والحشرات والأمراض الزراعية فيما يلي:
• الاعتماد على المكافحة الكيميائية من خلال استخدام المبيدات الحشرية ولكن بشكل قليل، والاعتماد إلى جانب ذلك على بعض التقنيات الحديثة والفعالة في عملية المكافحة.
• ومن ضمن تلك التقنيات الحديثة فكرة المكافحة الميكانيكية من خلال الاعتماد على المصائد ذات الأنواع المختلفة مثل المصائد الغذائية، المصائد الضوئية، المصائد اللاصقة، وغيرها.
• كما يمكن الاعتماد على المكافحة الحيوية التي تتضمن فكرة زراعة نباتات مقاومة للآفات والحشرات.