طاسيلي الجزائري - برنامج محاكاة راستوب Rastop

طاسيلي الجزائري (https://www.tassilialgerie.com/vb/index.php)

- شعبة العلوم التجريبية (https://www.tassilialgerie.com/vb/forumdisplay.php?f=111)

- - برنامج محاكاة راستوب Rastop (https://www.tassilialgerie.com/vb/showthread.php?t=108682)

Déja Vu

2021-08-15 20:11

برنامج محاكاة راستوب Rastop

السلام عليكم و رحمة الله و بركاته
بسم الله الرحمان الرحيم

برنامج محاكاة راستوب Rastop

1- التعريف بالبرنامج :

هو احد البرامج المستعملة في عرض و دراسة البنية الفراغية للجزيئات الحيوية خاصة البروتينات كما يهدف اساسا لشرح البنية الفراغية للبروتينات و فهم العلاقة بين بنية البروتين و وظيفته على مستوى العضوية.

2- تشغيل البرنامج :

فتح مجلد Rastop الذي تم تحميله يكون بالنقر مرتين على ايقونة البرنامج تظهر النافذة الرئيسية للعرض و التي تنقسم الى 3 اقسام :

الاوامر الخاصة : بالبرنامج التي تسمح بتغيير طريقة العرض ، اللون ، القياس ..... الخ.

نافذة العرض : يعرض فيها البروتين المدروس

لوحة التحكم : تسمح بتغيير حركة الدوران ، التكبير ، التصغير...الخ.

3- تطبيقات :

1. تمثيل بنية الاحماض الآمنية (lys , ala) :

نختار عدة طرق للتمثيل :

نموذج العود

الكرة و العود

المكدس

- لعرض بنية الاحماض الآمنية تنفذ التعليمات التالية :

1/fichier / ouvrir/acides amines / Alanine (ou lysine)

2/ Batonnets, boules et batonnets , sphéres

* تمثيل الالوان في البرنامج :

- الاحمر : اوكسيجين O

- الازرق : الازوت N

- الابيض : هيدروجين H

- الرمادي : الكربون C

2. تمثيل متعددات البيبتيد (الانسولين و الهيموغلوبين) :

أ) الانسولين :

- نختار عدة طرق للتمثيل :

نموذج العود

الكرة و العود

المكدس

1- لفتح ملف هرمون الانسولين ننفذ التعليمة التالية :

fichier / ouvrir/ protéines/lui ins/ ouvrir

يظهر الشكل بالنموذج الخيطي . نقوم بتغيير عرضه الى نموذج الكرة و الى نماذج اخرى.

2- من اجل الحصول على نموذج الشريط او الشريط السميك ننفذ التعليمة التالية :

Rubans/cacher tout/caricatures

3- من اجل الحصول على معلومات اضافية حول البروتين نستعمل التعليمة التالية :

Molecule/information/molecule

4- من اجل الحصول على تسلسل الاحماض الامنية في الانسولين نتبع التعليمة التالية:

انقر على Molecule/Sequence تظهر نافذة تعطي ترتيب الاحماض الامنية لكل سلسلة حيث يرمز لها بحرف واحد.

chaine A و chaine B تمثل : سلاسل بيبتيدية

E يمثل : حمض آميني

5- من اجل معرفة نوع الحمض الاميني :

élement/proprietés/utilisateur

6- من اجل معرفة عدد السلاسل المكونة للبروتين :

atomes/colorer par chaines

- عدد السلاسل البيبتيدية في هرمون الانسولين سلسلتان.

7- من اجل تعيين الحمض الاميني السيستيين Cys :

elements/C Cys/nouvelle selection/sphéres

8- من اجل تحديد الجسور الكبريتية :

Liaison/Ponts disulfures/Type/Batonnets
تظهر لك نافذة اكتب فيها عددا محصورا بين (0-250) لاظهار حجم الجسور الكبريتية التي تريد عرضها على الشاشة ، ثم انقر على الزر OK .

9- من اجل اظهار المناطق البينية :

Propriétés/nouvelle selection/coudes
atomes/colorer par structure

ب) الهيموغلوبين :

1- اتبع نفس الخطوات السابقة من 1 الى 9 من اجل تحديد بنية الهيموغلوبين.

- الهدف من النماذج :

نموذج العود Batonnets : التعرف على انواع الذرات ، عددها و الروابط التي تربطها.

النموذج المكدس Sphéres : التعرف على حجم الجزيئة.

نموذج الكرة و العود Boules et batonnets : التعرف على انواع الذرات، عددها و الروابط التي تربطها بالاضافة الى حجم الجزيئة .

نموذج الشريط Rubans : توضيح انواع البنيات الثانوية ألفا و بيتا و مناطق الانعطاف لتشكيل (داخلة) في البنية الثالثية.
كما يسمح بمقارنة البنيات الفراغية للبروتينات.

نموذج الشريط السميك Caricatures :
- توضيح انواع البنيات الثانوية ، و مناطق الانعطاف.
- مقارنة البنيات الفراغية للبروتينات.
- يحدد اتجاه الجزيئة .

يمكنكم تحميل برنامج الراستوب على :

http://www.mediafire.com/file/1wdmg9...top_Loubna.rar

بالتوفيق للجميع :icon_smile_waving:

حصري لمنتديات الطاسيلي لا نصرح النقل دون ذكر المصدر

الساعة معتمدة بتوقيت الجزائر . الساعة الآن : 18:29